存货在发出用于生产产品、销售或其他用途的过程中，由于会计成本和计税成本的差异及存货发出会计计价方法和税务计价方法的不同，从而产生了存货发出的会计成本和计税成本的差异。
1.由于存货初始成本差异的存在，在存货的使用流转环节肯定也存在着会计和税务的差异。但是现行税收政策尚无对该环节差异调整的具体规定，又因综合调整法不符合相关税法规定的配比原则，所以在具体操作过程中只能采取据实调整法进行处理。采取据实调整法时，企业在按会计制度对存货进行核算确定入账成本的同时，还应对存在差异的存货按照计税成本设置备查簿，对发出的存货按照计税成本进行纳税调整。在会计处理的基础上，加上差异额来确定所生产的产成品计税成本（或结转库存商品的计税成本），并以此确定该产品销售成本，使隐含在存货中的计税成本得以实现。
例：甲公司2004年向乙公司销售一批产品，增值税专用发票上注明的价款为300万元，增值税税额为51万元。乙公司因故无法按规定偿还债务，经协商，甲公司同意乙公司用产成品300件抵偿该项债务，该批产品的公允价值和计税价格均为300万元，成本为200万元，已于5月12日按规定开具了增值税专用发票，并收到该批货物。甲公司已为应收账款计提了10万元的坏账准备。假如甲公司月初库存有同类产品500件，会计成本和计税成本均为550万元；于 5月20日销售该产品200件，甲公司按加权平均法计算发出货物的成本。
（1）甲公司取得货物时：
借：库存商品2900000应交税金———应交增值税（进项税额）510000坏账准备100000贷：应收账款3510000.
可见，甲公司取得库存商品的会计成本为290万元，计税成本为300万元，差异额=计税成本-会计成本=300-290=10（万元）。
（2）甲公司发出货物时：
甲公司销售库存商品的会计成本=（290 550） （300 500） 200=210（万元）；
甲公司销售库存商品的计税成本=（300 550） （300 500） 200=212.5（万元）；
差异额=计税成本-会计成本=212.5-210=2.5（万元）。
因为甲公司计入当期利润的成本为210万元，而相关税法规定应考虑隐藏在库存商品中的收益或损失，按计税成本212.5万元计算销售产品的成本。所以，甲公司在计算当年度的应纳税所得额时应将其差异额2.5万元作调减处理。
2.发出存货计价方法的不同形成会计和税务的差异。
会计制度规定，存货发出的计价方法可由企业根据自身实际核算要求自行确定，包括后进先出法，无任何限制条件。而相关税法对后进先出法的使用增加了限制条件：如果纳税人正在使用的存货实物流程与后进先出法相一致，也可采用后进先出法确定发出或领用存货的成本，即使用后进先出法确定发出存货的成本，也必须是存货在领用时确实采取的是将后购进的货物先发出的流程。当企业忽视限制条件的存在，使用后进先出法时，就会出现存货发出的会计成本和计税成本的差异。
对于存货计价方法的变更，随着国税发[2004]390号文件的执行，会计制度规定和相关税法规定已基本一致，不再存在差异的协调。
例：甲公司对存货核算一直采用移动平均法，由于物价持续上涨，决定从2003年1月1日改用后进先出法。2003年1月1日，该企业存货的价值为 300万元，本年度购进4000万元，2003年12月31日按后进先出法计算确定的存货价值为500万元。如按移动平均法计算，存货的价值应为900万元。但企业在生产过程中领用存货时，根本无法区分先进的存货和后进的存货。
根据相关税法规定，甲公司不得采用后进先出法核算，对计税成本和会计成本的差异额应进行调整。
后进先出法计算的发出存货的会计成本为：300 4000-500=3800（万元）；
移动平均法计算的发出存货的计税成本为：300 4000-900=3400（万元）；
差异额=3800-3400=400（万元）。
即甲公司因采用后进先出法造成多计成本400万元，应调增应纳税所得额。
