我国地域广袤、江河众多，每个流域的自然条件、经济社会发展水平各异，水资源和水环境状况不同，需要解决的主要问题也不一样，必须以科学发展观为指导，从各流域实际出发，按照可持续发展治水思路的要求，明确发展定位，突出发展重点，解决发展难题，使
水利更好地为流域经济社会发展服务。
长江流域要按照保障防洪安全、合理开发利用、维系优良生态、稳定河势河床的总体要求，坚持江湖两利、左右岸兼顾、上中下游协调的基本原则，着眼于三峡工程和南水北调工程建设带来的流域防洪形势、水资源条件与江湖关系新变化，统筹开发与保护，兼顾兴利与除害，完善流域综合防洪、水资源合理利用和生态环境保护体系，强化流域综合管理，优化以三峡水库为核心的水库群联合调度，维护健康长江，促进人水和谐，确保永续利用，让长江更好地造福人民。
黄河流域要按照堤防不决口、河道不断流、水质不超标、河床不抬高的总体要求，紧扣黄河水少、沙多、水沙关系不协调的突出症结，努力增水、减沙、调水调沙，塑造协调的水沙关系，加快构建和完善水沙调控体系、防洪减淤体系、水资源统一管理和综合调度体系、水质监测保护体系、
水土保持拦沙体系，确保黄河安澜无恙、奔流不息，进一步把黄河的事情办好，让黄河更好地造福中华民族。
淮河流域要针对水系复杂、水旱渍涝灾害频繁、人水矛盾尖锐、水资源污染严重等问题，坚持蓄泄兼筹的治淮方针，统筹处理好上下游、左右岸、干支流和河湖关系，完善流域防洪除涝抗旱减灾体系，搞好拦分蓄泄排，科学调度、优化配置和节约保护水资源，实现蓄泄合理、保障有力、生态良好、人水和谐，进一步把淮河修好管好，确保沿淮人民安居乐业。
海河流域要针对水资源短缺、河湖萎缩、污染严重、地下水超采、防洪保障能力不足等问题，以水生态环境保护与修复为核心，科学配置当地水、外调水和非常规水源，有效限采地下水，全面推进节水型社会建设，建成完善的水利工程体系，保障供水安全，修复流域生态，改善河库水质，提升防洪能力，从根本上把海河治好，为首都和环渤海经济圈发展提供支撑和保障。
珠江流域要针对水旱灾害频繁、调控能力不足、河口咸潮上溯、局部水质恶化等问题，统筹流域治理开发与保护，加快控制性枢纽建设，强化水资源统一管理和枯水期水量调度，加大节水治污力度，加强珠江三角洲和高原湖泊生态保护，有效防治石漠化，促进水土资源可持续利用，提高防洪能力，保障供水安全，改善河流水质，维系河网畅通，建设绿色珠江。
松花江辽河流域要针对水资源分布不均、水质污染、水土流失、湿地萎缩等问题，构建“东水中引、北水南调”的水资源配置格局，推进以三江平原、松嫩平原为重点的灌区建设，提高重点城市和地区的防洪能力，加强水资源和重要湿地保护，加快黑土区水土流失综合治理，实现城乡防洪安全、供水能力提高、资源配置合理、生态环境优良，为东北老工业基地振兴、
国家粮食核心产区和后备产区建设提供强有力的水利支撑。
太湖流域要针对经济发达、河网密布、开发程度高、环境压力和风暴潮威胁大等特点，以流域水环境综合治理为重点，加快建成引得进、蓄得住、排得出、可调控的现代化管理调度体系，完善协调机制，强化依法管理，提高防洪防台能力，保障城乡供水安全，搞好节水调水治污，改善流域生态环境，为加快太湖流域现代化建设提供水利保障。(摘自水利部部长陈雷在2008年全国水利厅局长会议上的讲话)
