牙鲆碱性磷酸酶cdna序列分析与蛋白质高级结构预测 |
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牙鲆碱性磷酸酶cdna序列分析与蛋白质高级结构预测 收藏此文
全部作者 ： 陈晓武 施志仪
第一作者单位 ： 上海水产大学
论文摘要 ： 为研究碱性磷酸酶(ec 3.1.3.1; alkaline phosphatase，alp )在牙鲆(paralichthys olivaceus)发育和变态中的作用，采用race的方法克隆了牙鲆alp基因cdna全长，通过生物信息学分析了核苷酸序列并进行蛋白结构预测. 结果表明，牙鲆alp cdna全长为1811bp，能编码476个氨基酸的蛋白质，分子量为52293.1da，等电点为7.67. 编码区核苷酸gc含量在alp同源基因中差异比较大，脊椎动物明显高于非脊椎动物和细菌. 分子系统分析显示，牙鲆alp和青黑斑河豚(tetraodon nigroviridis)、斑马鱼（danio rerio）的组织非特异性alp有较高的同源性，分子进化树和物种进化树是一致的. 在蛋白序列中的一些重要的功能位点，包括金属离子结合位点、n糖基化位点和丝氨酸磷酸化位点等表现了较高的保守性. 牙鲆alp和人胎盘alp(palp)在蛋白序列上有43%的相似性，其3d结构非常接近，通过氨基酸空间位置比较发现，牙鲆alp中141和203位半胱氨酸对应于人palp的121和183位半胱氨酸，推测能形成一个二硫键. 在两者酶活性中心，三个金属离子结合的氨基酸残基非常保守，zn离子周围的9个氨基酸中有2个不同；mg离子周围的7个氨基酸也只有2个不同，包括一对类似的丝氨酸155和苏氨酸175.
关键词 ： 牙鲆； 碱性磷酸酶； 序列分析； 蛋白质结构预测； 生物信息学
发表日期 ： 2008年02月27日
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