作者： 贺志勇
自威廉佩利复兴“古典设计论”成为“经典设计论”以来，就有学者批评设计论不够科学。二十世纪智慧设计运动复兴之后，比希以及德布斯基等学者对经典设计论继续改进与发展。詹腓力、比希以及德布斯基等学者的目的，就是让设计论重新变成一种“科学”理论，让科学共同体可以接受，但这一努力又遭到了一些学者的否定——他们依旧认为智慧设计论不科学。本文的任务就是分析智慧设计论是否“科学”。
首先需要说明，智慧设计论可以分成两个部分：设计推论和设计推论在各门学科的应用。（比方说在生物学的应用，比希等人的工作）那什么是设计推论呢？德布斯基认为：有一些合理的方法，判断一件事的原因是出于自然规律还偶然性，或是出于设计。如果通过这些方法排除了一件事件是出于自然规律和偶然性，那么它就必然是出于设计了。 [1] 而大众所认为是智慧设计论的理论，实际上是把设计推论在生物学，天体物理学等领域的应用。因此，我们在这里讨论的是智慧设计论的应用是否科学？不过为了简便，下文都会把它叫做“智慧设计论”。
一、 智慧设计论批评者的科学观以及他们的批评
温恩（Richard Wein）在批评德布斯基的智慧设计论时，提出了自己对于科学的看法，他认为，一个科学理论需要符合以下几个标准：
（1） 似真度（Likelihood）。给定假说后，用该假说成功解释观察证据的概率很高。
（2） 合理性（Plausibility）。在考察观察证据之前，根据背景知识衡量，给定假说的合理性或可信度很高。
（3） 预测力。给定假说产生更多检验它本身合理性的观察证据的能力很高。
（4） 可错性。给定假说可以被新证据证伪的可能性很高。
（5） 简洁性。给定假说必须遵循这一原理：如无必要，勿增实体(即概念)。
（6） 还有如假说的逻辑一致性等等标准。 [2]
这样的定义表明了温恩对于“科学是什么”的看法：科学同可观察的经验证据是联系在一起的，而且，如无必要，不需要引入新实体或概念去解释事物。温恩认为智慧设计论不符合以上的标准，不是一个可代替进化论的好理论，其实也就是否认智慧设计论是“科学的”。
比方说，温恩认为，智慧设计论所提出的东西没法测量、计算或者用照片拍下来(unoperational)，所以不是科学。他还认为，德布斯基的智慧设计论，没有提供任何有关设计者的身份、能力或其目的之知识；也没有证明是存在许多设计者，还是只存在一个设计者；还没有说明设计是在何时何种情况下完成的。 [3] 这样，智慧设计论是一个不能证伪的理论。而相对来讲，进化论是可以证伪的，因为它的假说可以找到观察证据，例如化石证据、分子生物学的证据。假如说化石证据与进化假说不符合的话，那就需要对进化假说进行重新估价。
同样，智慧设计论在温恩看来也缺乏预测力。因为预测力与证伪是联系在一起的：一个假说作出一次预测，如与观察结果不符，则此假说被证伪。智慧设计论无法被证伪，所以也缺乏预测力。温恩强调：德布斯基自己都说设计并不必然留给我们任何可观察到的踪迹。 [4] 而要谈预测力，就要区分在这一假说指导下哪些观察是可能的，哪些是不可能的。但温恩认为智慧设计论作不到这一点，因为不知道设计者的能力和目的，就无法进行预测。 [5] 而进化论却作出了许多有效的预测，例如，进化论预测生物种系形成的进化树，与独立的生物分子之间有高度的一致性，这一点已经得到证实。
这样质疑智慧设计论是否“科学”的学者不在少数。鲁斯（M. Ruse）认为智慧设计论不根据自然律来解释现象， [6] 还认为智慧设计论没有提供一个解释自然现象的机制； [7] 斯库格（G. Skoog）则批评智慧设计论的结论是不可观察的； [8] 古尔德（S. J. Gould）则认为智慧设计论是不可检验、不可证伪的， [9] 这与斯库格的观点有相似之处；鲁特-伯恩斯坦（R. Root-Bernstein）则认为智慧设计论没有预测力； [10] 祁候（A. Kehoe）认为智慧设计论不具有试错性（Tentative ）。 [11] 这些意见其实一言可蔽之：智慧设计论不“科学”。
批评者的科学观还可以如此表述：1981年，阿肯色州的威廉 奥弗顿法官采用一位相信达尔文主义的科学哲学家迈克尔 鲁斯的关于“什么是科学”的说法，指出科学的五项基本特征：
（1） 是被自然规律导引的；
（2） 是用自然规律解释的；
（3） 是在经验领域中可以试验的；
（4） 它的答案是暂时性的，不一定有终极的答案；
（5） 它是可以被证伪的。
具有首席地位的《科学》杂志兴奋地把法官的意见全部载出，把科学家如何看待他们行业的观点做了个总结。 [12]
有这种看法的进化论者不在少数。比方说，进化论者丹纳特（Daniel Dennett）2005年8月28日在《纽约时报》上发表文章，拒绝所有形式的智慧设计。无论是把智慧设计放在生物的起源，还是放在进化的过程中起作用，他都拒绝。他认为变异与自然选择，已经足以解释进化的方向，并以眼睛为例子来说明自己的观点。他认为，通过自然选择，那些具有良好适应性优点的亲代，将把这些优点遗传给子代。在长期选择之后就最终形成新的种（Species ）。 [13] 所谓的设计，在丹纳特看来不过是数以亿计的偶然性与必然性的完美结合而已。他认为，并没有什么目的导致了这一结果，它只不过在足够长的时间中恰巧发生了而已。我们甚至可以说，生命之树用某种方式创造了它自己。 [14] 另一位进化论者道金斯接受方法论上的还原主义，或者说唯物主义。他认为任何东西都最终可还原为一些小单位，如基本粒子的相互作用；他认为科学是唯一可接受的解释工具，如果科学没有在宇宙中发现目的，宇宙中就没有目的。物质成了整个宇宙最基本的实在，自然主义成了科学的基础，这样，智慧设计论所指向的那个生物的“无身体的设计者”显然不符合道金斯对科学的看法。 [15]
《科学美国人》（Scientific American）的主编雷尼（John Rennie）曾经认为，现代科学在方法论上就是自然主义的——它寻求纯粹用可检验或者可观察到的自然机制来解释宇宙。 [16] 这样，智慧设计论就不可能是一种科学。雷尼用物理学作例子来表达他的 “现代科学”的观点：
物理学用一些特殊的概念来描绘原子核（这些概念是跟物质与能量相关联的概念），而物理学又通过实验来检验这些描述。物理学家介绍了新的例子，例如夸克；只有在先前的描述不能完全解释已经观察到的现象时，科学家才会提出新的理论。这一新粒子不可能任意去描述，对它的描述是受严密限制的，因为这一新例子的描述，必须符合已经存在的物理学框架。 [17] 也就是说，现代科学与物质、能量这样一些概念是分不开的。在雷尼看来，智慧设计论提出了一个神秘的实体，这一实体具有不受限制的能力，以致这一理论没法作科学调查。而且，这一理论并不能回答智慧是何时和怎样介入生命历史的？又是何时和怎样创造第一个DNA，第一个细胞，第一个人的？究竟是现在的每一个物种都是设计的，还是只有一些最初的原始种类是设计的？智慧设计论无法回答这些问题。 [18]
许多进化论者赞成雷尼。帕高斯（Heinz R. Pagels）在其书《理性之梦》之中写到：“…到底上帝就是这资讯，或者他写下资讯，或者这资讯自己书写，对我们的生命都毫不重要。我们可以安心地抛弃传统的神明观念，因为没有科学证据说明自然世界有一位造物主，没有任何科学证据指出在自然法则背后有一种旨意或一个目的。甚至连地球上的生物现象，好像强烈地显示是一位造物主设计的，但这些都能够用进化论来解释。” [19] 彭诺克（Pennock）则认为把细胞的产生归因于智慧设计，这似乎暗示说所有事件因上帝一时的兴致而发生，这样科学家根本就无规律可查了。 [20] 而《进化思想史》的作者鲍勒则认为：“现代创世论 [21] 对现代进化论构成了很大的威胁，因为创世论的基础是宣称物种的起源一定是超自然的过程。虽然现代创世论又叫做‘科学’的创世论，但是这种理论显然是要使整个‘进化’问题脱离科学研究的范围。更为严重的是，创世论者依然坚持认为生命的奇妙起源像《圣经》中描述的一模一样，…尽管可以为创世论者的观点辩护，但是一场出于要支持原先建立在宗教基础上的立场的运动，它的方法绝不会是科学的方法。” [22]
需要说明的是，以上列出的批评，有的是针对现代创世论的，但他们看待智慧设计论的观点也类似。虽然智慧设计论与二十世纪早期的“科学创世论”是不同的，但一些批评把智慧设计论同科学创世论混同起来。这些批评一般都认为智慧设计论引进了一个“无形体的智慧设计者”——上帝，而这与科学无关。正是这种自然主义的态度，把智慧设计论排除在科学之外。 [23]
那么，什么是自然主义的态度？自然主义的态度认为：自然界是一个完全由物质因果关系支配的封闭系统，不受任何“外来”非物质因素的干涉。自然主义否认一位超自然的主宰会影响任何自然事件，也否认他可以与我们这些自然界生物有任何的沟通来往。 [24] 陆谷孙主编的《英汉大词典》也写到：“自然主义乃是一种强调从自然本身来说明自然、反对任何超自然力量的哲学观点。” [25]
持这种自然主义科学观的学者占大多数。如彭诺克认为，“科学是通过观察检验等经验原则来操作；科学假说必须通过经验资料来证实或证伪；但是，没有人可以通过经验资料来检验一个给定的结果与一个超自然的实体之间有什么关系。超自然实体不受自然律限制，那么超自然假说就无法去证伪。” [26] 他认为，在科学中诉诸超自然的力量，将使科学家的工作变得太轻易了，因为上帝这一原因可以简单解释所有的事情 (& also explain nothing)。上帝属于超自然的力量，他的能力是无法限制的，所以根本无法探查他的存在与他的创造之间的科学关系。彭诺克认为，求助于神明乃是求助于一种神秘体验，这不可以用经验证据来解释、来验证。 [27] 这样，彭诺克认为，智慧设计论求助于一个超越的智慧设计者，就不符合科学的定义了。
在自然主义的视野里，全部存在都是自然的领域，自然就是实在。 [28] 所以在道金斯看来，任何把上帝带入科学图景的企图，都是缺乏说服力的。 [29] 他的理由有如下两个：首先，事物自己有自己正常的进化过程，既不需要被指引也不需要被干预，进化自身就能完成这些过程。 [30] 其次，任何诉诸神明的活动，无论是直接的还是间接的，都假设了这样一件事：为了解释有组织的复杂性的存在——生命、眼睛等等，都必须引入一个使它们得以产生的上帝，那么上帝就是极为复杂的了。 [31] 可是，上帝的复杂性的起源又是什么呢？道金斯认为，把复杂性的起源中止于一个永恒的上帝，其实根本没有解释什么东西，所以还需要回到进化论。 [32]
美国国家科学教育中心（NCSE ） [33] 则表明：“在现时代，科学作为一种实践，必须是自然主义的… 奠定在奇迹之上的解释绝不能被允许。” [34] 当某些人采用“超自然的解释”时，就同这些定义冲突了。 [35] 批评者拿“科学”这一概念作武器来否定智慧设计论，这些观点能否挑战智慧设计论的合理性呢？这一点我们接下来会加以论述。
二、对进化论者观点的回应
1、智慧设计论是否可检验？
人类学家斯科特（Eugenie Scott）批评智慧设计论，在《观点》（Sight）杂志上说智慧设计论根本不是在作科学研究，其理由是智慧设计论是不可检验的。所谓的“智慧设计论是不可检验的”有两层意思：一层意思是智慧设计论原则上是不可检验的——智慧设计论所提及的设计者是超越的、在经验上不可检验的。比方前面温恩就提到智慧设计论所提出的东西，没法测量或者计算或者用照片拍下来，所以不是科学。对于这个观点，德布斯基认为，科学中有许多理论提出的一些理论实体，并没有被观察到或者根本无法观察，如超弦、宇宙起源的奇点等等。另外，像考古学、人类学这样的科学，它所作的许多研究是无法量化的。所以不能根据理论所提出的东西是否可以测量或者量化，来作为理论是否科学的标準。而在生物学领域中，生物学家通常提供两种对于智慧设计论的批评：一方面，他们批评智慧设计论是不可检验的；另一方面，他们认为有足够的证据，证明智慧设计论是假的。这本来就是互相冲突的。 [36]
其实，德布斯基、比希已经提出的特定复杂性、不可还原的复杂性等概念，都是可以进行检验的。比方说，德布斯基认为，要判断是否存在特定复杂性，我们必须依据我们的背景知识去寻找合适的方案，从而确定所判断的物件，是否具有特定性，所以我们所作的并不仅仅是排除偶然性，还是在作“设计推论”。在这一过程中，如果我们发现根据德布斯基的理论，我们会把本来不是设计的东西错误判断成是设计的，那么德布斯基的智慧设计论就被证伪了；相反，如果我们发现经德布斯基的理论判断具有特定复杂性的东西，的确出于设计，那么德布斯基的理论就被证实了。在这个意义上，德布斯基的理论是可以被检验的。德布斯基认为，作为一个科学理论，特定复杂性理论在今后仍将经历大量的修改和调整。 [37] 根据什么来调整？当然是根据检验智慧设计论的观察证据了。
第二层意思是智慧设计论在原则上是可以检验的，但它如今提不出什么可供检验的观察实验。在这里，“检验”这个概念应该还蕴涵著波普的“证伪”概念。进一步说，它还蕴涵著证实（或者证伪）、预测力、解释力这三个概念，其核心思想是我们的科学理论必须与自然界发生的观察证据紧密相联。我们可以依次分析：
（1） 有的学者批评智慧设计论不能被证伪所以不科学。不过德布斯基认为，说智慧设计论不能被证伪并无道理。如果生命系统所展示的不可还原的复杂性，可以证实由达尔文的渐进式进化过程得来，那么智慧设计论就在一般意义上被证伪了。因为纯粹自然原因就可以解释生命系统，不再需要一个超越的智慧原因了。正如德布斯基指出的：“将来的知识可能会推翻设计推论，这样设计推论流程图就可能不对了；但是，这种威胁对任何一个科学研究来讲都存在。的确，这是归纳问题的翻版，即，规则是可错的。” [38]
其实，德布斯基的意思是：如果具有不可还原的复杂性的生命系统，可以根据纯粹的自然原因来解释的话，智慧设计论将变得多余，就不需要再讨论了。这就是德布斯基的“证伪”。但是，德布斯基认为，进化论没有证伪智慧设计论。相反地，生物学家根本无法利用达尔文的理论重构复杂的生物系统——如细胞鞭毛的历史，因此在观察证据面前进化论被证伪了。但达尔文主义者，却不认为达尔文的理论被这一点证伪了。虽然米勒（Kenneth Miller）把无法重构归因于人们现今对于细胞鞭毛的无知，但德布斯基用自己的论证表明：智慧设计论已经告诉大家，细胞鞭毛具有不可还原的复杂性，是不大可能从渐进进化而来的。这一点第六章已经详细叙述了。
（2） 说智慧设计论缺乏预测力所以不科学，这一点值得商榷。在科学领域中，有的科学理论并不要求预测将来，它们的目的是重构过去，如社会科学中的考古学、人类学等等。还有如进化论，也是考虑重构生命的历史而已。也许，从弱一点的意义讲，进化论的预测，在于发现化石证据。但缺乏的化石证据实在太多，用一个古生物学家的话来讲就是：没有证据证明这些缺乏的化石记录是真有其事。 [39] 所以，化石证据的缺环，使进化论具有的预测力面临相当的困难，所以至少暂时来看，进化论是缺乏预测力的。
不过，即使智慧设计论可以批评进化论缺乏预测力，这也只能说明进化论不是一个完善的科学范式，也不能证明智慧设计论是个比之更好的科学研究范式。对于当今的科学共同体来讲，理论只有预测了某些现象才能进行检验，才能判定该理论的真伪。因此智慧设计论要想为当今科学共同体所接受，就不能仅仅只是解释过去的事实，还要努力去作出预测。
德布斯基同詹腓力等智慧设计论者，认为智慧设计论并不缺乏预测力，反而是进化论并没有真正作出什么预测，因为我们至今没有观察证据证明，有新物种是按进化论的方式从旧物种中产生的。德布斯基认为智慧设计论已经提供了一个很明显的预测：这个世界充满了特定复杂性，因此可以探查到许多有关设计的标志。例如，许多种酶的代谢方式，就体现了不可还原的复杂性（特定复杂性的一个特例）。 [40] 如果我们发现这些酶，可以通过达尔文的进化方式演变而来，那么智慧设计论的预测就被证伪了。也就是说，即使承认“预测力”这一标准，智慧设计论也不缺乏预测力。因此，“智慧设计论缺乏预测力所以不科学”这一说法也欠缺说服力。
不过，必须承认，从严格意义上来讲，从酶的代谢方式中发现不可还原的复杂性，不能算是一种预测。智慧设计论需要去指导一些研究方案，比方说做实验证明酶的代谢方式，真的不能以达尔文或新达尔文主义的方式去实现。这样的实验就如当年吴健雄判定“宇称守恒与否”的实验一样，具有判决性的意义。否则科学共同体的许多人，仍旧会在这一点上抵制智慧设计论。
（3） 有的进化论者认为，智慧设计论缺乏解释力所以不科学，但这一说法并不令人信服。连进化论者索伯都承认，智慧设计论是具有解释力的，只是他认为智慧设计论的解释力，不如进化论的解释力而已，但他却从不否认智慧设计论是具有解释力的。什么是假说的解释力呢？如果一间房中出现到处乱飞的各种家电，而且还听见有人的笑声却看不到房中有任何人，那么假设这房中闹鬼，这一种说法就是具有解释力的。所以我们可知，所谓解释力，是指从假说推论到观察证据的合理程度。面对这个世界存在的具有“特定复杂性”的证据时，说只有进化论具有解释力，而智慧设计论没有解释力，这样一种说法并不合理。我们只能说：可能进化论的解释力，高于智慧设计论的解释力。不过从上一章“最佳解释推论”一节可知，说进化论比智慧设计论更有解释力这种说法，还没有被证实。德布斯基就认为：智慧设计论已经很好地解释了为何生物具有特定复杂性这一问题，同时也间接解释了为何达尔文的渐进进化论不符科学期望的问题。所以用“解释力”这一标准批评智慧设计论不科学，并不合理。
2、智慧设计论与因果机制
古尔德（Stephen Jay Gould）认为，科学理论必须提供一种解释现象的因果机制，智慧设计论提供不了，所以不科学。 [41] 不过，按照这个标准，牛顿的重力定律也不是科学理论，因为对于这个定律描述的现象——引力——究竟是什么，我们并不知道，它起作用的因果机制，我们也不明白。我们只知道，任何事物都有引力，且受别的事物的引力作用，如此而已。再比如玻尔兹曼的热力学，热力学只说当分子运动快时温度会升高，但到底为什么温度会升高实际并没有解释。而且分子运动也还需要因果解释去阐明其运动的原因为什么温度会升高 ? 。 [42] 据此出发，说智慧设计论不能提供解释现象的因果机制、没有解决问题的能力，因此是不科学的并不恰当，因为科学理论并不一定能提供一个因果机制来解释事物。
但是现代科学之所以为科学，其中的一个特征是：它总是努力去寻求解释一个现象产生的因果机制。也许对于某个现象，它暂时不能用因果机制去解释，或者它可能永远不能用因果机制去解释，但必须承认，科学具有内在的动力去驱使科学家们寻求能解释现象的因果机制。因此，智慧设计论如果想被当今科学团体所接受，就必须尽可能找到被设计的事物得以产生的因果机制。
那么，究竟什么样的解释，算是具有因果机制的科学解释呢？牛顿用重力来解释苹果为什么落地，算是科学解释，而如果用设计来解释某些现象的产生，就不算是科学解释么？并非如此，设计推论在生活中其实处处可见，用设计来解释某些现象的产生，并不是一个问题；真正问题是：日常生活中的设计推论解释，每每是包含因果机制的，一如侦探小说所展现的。但智慧设计论用超越的设计者来解释生命起源的问题，是否能包含具有因果机制的科学解释，是现在的科学团体承不承认其是科学的主要问题。
3、智慧设计论与还原主义
进化论者道金斯的科学观，是一种典型的还原主义的唯物科学观。 [43] 比方说，他认为分子运动的规律，可以由原子的运动规律去说明，而原子的运动规律又可以由更小的微观粒子的运动规律去说明。据此道金斯批评说：智慧设计论中的设计者，自身的来源仍需要得到解释——不过道金斯自己并没有认为层子的来源仍旧需要解释。他认为用“上帝由始至终存在著”这样一种说法，并不能作为一种生命起源的科学解释，就好像我们不能用“生命由始至终存在著”来解释何以有生命这个问题一样。 [44] 在道金斯看来，进化论解释了有组织的复杂性，如何从最原始的简单性中産生出来。但智慧设计论中的设计者，就无法对生命的起源，作这种还原性的解释。 [45] 因此智慧设计论并不科学。
首先需要指出，这种无限倒推的做法，对任何一个科学理论中的理论实体来讲都是一个难题。比如玻尔玆曼用粒子运动来解释“热”这一物理现象时，我们可以根据道金斯的批评，说玻尔玆曼的理论什么也没解释，因为粒子运动本身仍旧需要被解释。 [46] 科学事实上是如此运作的：我们有可能去进一步解释某一现象，但科学家必须停止在某个层面上去进行解释。德布斯基认为智慧设计论也是一样：“问题不在于智慧设计论者是否解决了自然界中所有与特定复杂性与及设计性智慧相关的问题。这样的问题总会存在。问题是智慧设计论的概念是否有效。” [47]
其次，许多问题并不能作还原性的解释，好比复杂系统理论就认为复杂系统不可以作还原性的解释。 [48] “笛卡尔曾经认为，当问题太过于复杂时，可以将原问题分解成许多足够小的问题，然后再分别解决。…然而，在受到高度反馈作用支配的多参数系统中，这个假设，或者更确切地说，这个愿望，被证明为根本上是错误的。这些系统不是可还原的。这些系统被看作是根本复杂系统（Fundamentally Complex Systems）；它们具有“整体大于部分之和”的性质，在这些系统里没有可逆性。生命系统就是这样的系统。” [49] 它所体现的不可还原的复杂性，根本就是不可还原的。正如德布斯基所说：“要正确理解复杂系统，我们必须正视部分之间的整体关系，用这样一种进路来研究，而不是侧重个别部分的分析。” [50] 还原论模式对研究特定复杂性没有多大办法，还原主义的科学观得不到“复杂理论”的支持。
因此我们可知，还原主义虽然在科学上具有一定作用，但还原主义的科学观并没有描绘出整个科学的实际情况，就好比量子物理学中的波粒二重性，就无法还原成更微小的基本粒子的运动规律。科学并不一定是还原主义所描述的“科学”，所以说智慧设计论没有提供像“谁设计了设计者”这样一类问题的答案，并不影响它成为科学的方法论，
值得一提的是，对于“谁设计了设计者” [51] 这样一个问题，认识论专家斯温伯恩提供了另一种解答，他认为：“人类在探求解释的过程中，会自然而然、合情合理地追溯到一切可观察事物的最终解释（Ultimate Explanation），其他一切事物的存在及其属性，都以这个或这些物体为基础。并非任何事物都有一种解释。…但是，最后必须有一个或多个具有某种属性的物体，作为其他所有物体的基础。” [52] 斯温伯恩认为，就最终解释而言，最有可能正确的理论，必然是一种能够预见可观察现象的最简单的理论，而且我们不可能用其他方式预见这些现象。他的结论是：唯物论的还原主义，假设我们所见的世界，起源于不可胜数的微观粒子（这些微观粒子碰巧具有完全相同的一些能力），这是一种非常复杂的假设。而任何解释都不会比只假设一种原因的解释更简单，因此有神论能够比唯物论的还原主义，提供更为简单的解释——即它更适合作最终解释。 [53] 而且，如果神具有全知、全能、全善的属性的话，那么从神这个词的定义来讲，他也有能力作为最终解释，因此再追问“谁设计了设计者”就没有必要了。——当然，这是形而上学的看法。不过最终解释能否成为一种科学解释呢？这恐怕是今后智慧设计论所要努力解决的问题。
4、智慧设计论与自然主义
总之，对进化论者的指责一一分析之后，我们发现，即使按进化论者提出的标准来看，指责智慧设计论不“科学”的说法，是站不住脚的。但为什么还有这么多科学家、学者坚持认为智慧设计论不“科学”呢？
首先需要指出，这是因为智慧设计论至今还不是一个成熟的科学理论。例如，智慧设计论强调“特定的小概率事件不是偶然产生的（前提4）”， 但概率多小的事件能被称为小概率事件，德布斯基并没有具体规定；而且，如何确定某一方案是否特定方案，德布斯基尚没有具体的操作方法。这些至今还存在的种种不足，使一些学者难以接受德布斯基的智慧设计论是一个科学理论。
第二点，正如德布斯基一针见血地指出的：这跟批评者的自然主义立场有关。德布斯基强烈反对把自然主义跟科学混在一起的做法。但德布斯基指出，这样的自然主义在深层上是一种哲学和宗教，是一种意识形态。他说：“尽管把世界看作是自然的，被普遍认为是一种科学步骤，但我们需要发现它显然是一个哲学步骤。…自然主义显然是一种意识形态。” [54] (cf. Feyerabend) 他认为，自然主义其实也在造神，只不过把对神的信仰转移到了自然。这样自然就可以解释自然中的一切，自然就代替上帝成了一切的最终原因。 [55] 自然主义的主要策略，就是宣称自然是自足的， [56] 但实际这种宣称是无法证明的。
还有其他的学者，也批评自然主义的极端立场。斯温伯恩就说，上帝通过设计自然律来设计宇宙。 [57] 也就是说，上帝的设计，同现在的自然律并不矛盾， [58] 自然主义认为，必须在自然中找寻自然事物的全部原因的看法，其实站不住脚。詹腓力尖锐地把自然主义称为宗教。他说：“自然主义的宗教，以科学作为事实的形像，这是控制非理性力量作有理性用途的一种方法。它可用于为科学工作招募支援，例如发展环境保护与医药研究等专案。” [59] 但是詹腓力以生物学为例，批评科学家称为“进化的事实”的东西，充满了哲学内容。谁都承认事物在时间中会有一些小变化，但进化论者认为“微进化”可以积累成“宏进化”，詹腓力认为这根本找不到有力证据来支持。总之，詹腓力觉得，以自然主义作为科学的基础并不合理。 [60]
彭诺克（Pennock）批评詹腓力没有区分本体论的自然主义同方法论的自然主义，他认为，后者才是科学的基础。 [61] ( yes, but the methodological easily passes into the ontological!) 鲁斯（Michael Ruse）也认为：“方法论的自然主义在定义上就是正确的，即使科学创造论成功地把自己所研究的东西称为科学，它也不可能对起源作出科学解释。…创世论者认为世界依靠奇迹而起源。但奇迹在科学研究之外，因为科学从定义来讲就是只研究那些自然的，可以重复的，受定律控制的事件。 ” [62]
彭诺克等人对智慧设计论仅仅用“设计”来解释生命世界的起源，并不满意。他们认为，科学应该能够提供可操作性(operational)的解释——我们可以根据这一解释去设计一些实验，再通过实验检验这个解释性理论所提出的预测是否准确。彭诺克等人认为“智慧设计论”只是把事物起源归因为设计，却无法利用这个解释做出预测，以及设计实验去检验这个预测。如果智慧设计论不具有可操作性，那么这样一种解释，对比其他具有可操作性的解释就没有优势。从这种意义上讲，智慧设计论可以作为一种引进超自然力量的终极解释，但它不是科学解释。
但德布斯基并不这样认为。他认为虽然有批评者指责智慧设计论在谈论一个创世的上帝，但实际上智慧设计论并不必然谈到一个超越的设计者，它只是从已有的经验标志出发，推论设计的存在，但具体设计者如何它并不作论断。
方法论的自然主义，认为科学从定义来讲只能研究那些自然事物。但科学为什么只能研究自然事物呢？进化论者认为，加入一个超越的原因，将打破自然律的完整性，将使有的事物的产生原因脱离自然律的范围。可是所谓自然律的完整性，至今仍旧是个哲学概念，且在量子世界中受到质疑。既然没有证实整个世界一定由自然律支配，那就没有什么必然理由说一定不存在超自然的例外。从认识论来看，如果我们的定律以及偶然性，不足以解释某个现象的产生，引进设计因去解释这样一种现象，并无不合理之处；如果设计因是超越自然的，我们并不能根据方法论的自然主义，就排斥一个超自然的设计因。既然方法论的自然主义是未经证实的，那么我们也没什么好的理由一定要接受方法论的自然主义——因为推理的基础不是确实可靠，那么我们无法从认知上去证立(justify)方法论的自然主义。 [63]
另一方面，方法论的自然主义，需要有充分的证据来排除上帝的存在才能成立，但它根本未曾提供这样的保证。 [64] 比方说，在经验证据方面，持自然主义的科学家，想把人的智慧行动，还原成神经科学所说的神经反应，再还原成分子的化学过程——这样的企图一直都没有成功——在薛夫（Stephen Schiffer）看来，这种还原缺乏根据。 [65] 所以，从认识论与经验证据两方面来看，方法论的自然主义都缺乏强有力的根据。
《科学美国人》杂志宣称，科学已经显示方法论的自然主义是极为正确的，正是方法论的自然主义让人逐步解答自然之谜，但这种说法，显然没有在一般性科学、探察起源的科学、以及历史科学之间作出区分。 [66] 一般性科学研究现在可重复观察的过程，而“起源科学”则探测事物在过去的起源过程。“起源科学”使用因果律（任何事情都有一个起始因） [67] 以及类比方法、归纳法等。比如我们现在发现产生复杂的代码资讯，需要智慧的作用，因此我们可以合理地推断在过去也如此。笔者认为，智慧设计论是探查事物起源的科学；因为没有探察到一个物质性的智慧设计者设计出生物，那么推断有一个非物质性的设计者，也不是不合法的——不过这需要证据十分充分才行。
德布斯基与戈登（Bruce Gordon）等，都批评科学团体不接受智慧设计论，能指导有意义的科学研究。 [68] 德布斯基认为，正是担心把一些东西错误地归结为智慧设计、以后会被推翻，这种想法阻碍了智慧设计论正常地进入科学领域中。 [69] 在他看来，在生物学中，智慧设计论是一个有关生命的起源和完善的理论。这一理论的基本陈述是：要解释复杂的、富含资讯的生命结构，智慧原因是必要的，而且这些原因在经验上也是可以探查到的。以前智慧设计论只是一种看似合理但并未充分完善的哲学直觉，但现在已经是一个健康的科学研究题目。德布斯基自己就提出了14个问题，作为智慧设计论所提出的科学问题：
（1） 探查问题：如何探查一事物出于设计；
（2） 功能问题：一个被设计出来的物体具有什么功能；
（3） 过渡型问题：如何追溯这一物体被设计的历史；
（4） 组构（Construction）问题：一个被设计的物体是如何组构出来的；
（5） 逆向工程问题（Reverse-Engineering）：如何在分解该物体时发现该物体是怎样设计出来的；
（6） 扰动（Perturbation）问题：最初的设计是如何被修改的，修改了哪些地方；
（7） 变化性（Variability）问题：什么样的扰动（Perturbation）可以允许该设计物继续运作；，
（8） 修复（Restoration）问题：扰动之后该设计物如何恢复稳定态；
（9） 系统参数（Constraints）问题：在什么样的参数下，系统能工作得很好，超出它系统就会崩溃；
（10） 最优化问题：如何达到最优化设计（Optimal）；
（11） 伦理问题：设计的结果是否在道德上合适；
（12） 审美问题：设计是否优美；
（13） 目的性问题：设计者的目的是什么；
（14） 身份问题：设计者是谁。 [70]
德布斯基提出了这一系列的问题。其实我们也还可以继续提问题，就像如何判定一个方案是否特定复杂方案，如何在改良设计工艺时与原来的设计不冲突等等。另外，智慧设计运动已经引导科克、泰勒、布雷德利（Kok， Taylor， and Bradley）去预测氨基酸序列中的功能特定性，而且他们的研究似乎同此相印证。 [71] 总之，智慧设计是一些在经
