一种改进的基于节点拓扑排序的基因调控网络构建方法 |
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一种改进的基于节点拓扑排序的基因调控网络构建方法 收藏此文 全部作者： 王敏 饶妮妮 张娅 郭建秀 第一作者单位： 电子科技大学生命科学与技术学院 论文摘要： 现有构建基因调控网络的贝叶斯网络结构学习方法在推断节点顺序时，没有考虑不同子图中包含相同节点对之间边的方向的确定，而这是基因调控网络中普遍存在的现象。针对这个不足，本文利用鉴别信息来确定不同子图中包含相同节点对之间边的方向，建立了一种新的从未知先验信息的数据中确定节点顺序的有效算法，并将它与k2算法结合，形成了一种改进的结构学习方法。该方法弥补了贝叶斯网络结构学习需要节点顺序的不足，适用于基因调控网络的构建。采用两组已知结构的基准数据对该方法进行评估，结果表明它推断出的网络结构非常逼近最优的结构，在预测结构上与现有同类方法可比拟，并且在计算时间和预测结构的准确性方面都大大优于爬山搜索算法。应用于酵母基因周期表达数据的基因网络构建上，所得结果较好地得到了已有生物实验数据的支持，进一步证实了该方法的有效性和可行性。 关键词： 基因调控网络；节点拓扑排序；贝叶斯网络；k2算法 发表日期： 2008年03月13日 同行评议： （暂时没有） 综合评价：
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